Máy Phiên Dịch Linh Hồn là một giao diện tương tác với Fluctlight của người dùng—tương đương về mặt công nghệ với linh hồn con người—và về cơ bản khác với phương pháp truyền thống là gửi tín hiệu đến não. Viện tư nhân Rath đặt mục tiêu hoàn thiện phát minh của họ bằng cách nhờ đến sự giúp đỡ của Kazuto Kirigaya. Anh làm việc ở đó với tư cách là nhân viên bán thời gian để thử nghiệm khả năng của hệ thống trong thế giới ảo được tạo ra bởi Máy Phiên Dịch Linh Hồn. Theo hợp đồng bảo mật, bất kỳ ký ức nào được máy tạo ra trong thế giới ảo sẽ bị xóa sạch khi trở về thế giới thực. Kazuto chỉ nhớ mang máng một cái tên duy nhất, Alice, điều này khiến anh cảm thấy bất an. Khi Kazuto đưa Asuna Yuuki về nhà vào một buổi tối, họ tình cờ chạm trán với một kẻ thù quen thuộc. Kazuto bị thương nặng trong trận chiến và bất tỉnh. Khi tỉnh lại, anh phát hiện ra mình đã rơi thẳng xuống Địa Ngục và dường như không có cách nào thoát ra. Anh bắt đầu một cuộc hành trình, tìm kiếm con đường trở lại thế giới vật chất một lần nữa.